ตราของโรงเรียน ประกอบด้วยเส้นวงกลม ๒ วง เส้นผ่าศูนย์กลางวงกลมใน ๓ เซนติเมตร เส้นผ่าศูนย์กลางวงกลมนอก ๔.๕ เซนติเมตร ล้อมรอบรูปเจดีย์วัดศรีอุโมงค์คำองค์ปัจจุบันระหว่างวงกลมส่วนบน ข้อความว่า “โรงเรียนการกุศลของวัดในพระพุทธศาสนา”
ส่วนล่างข้อความว่า
“โรงเรียนพินิตประสาธน์ อ.เมืองพะเยา จ.พะเยา”
ฐานของเจดีย์ ๔ ชั้น หมายถึง พรหมวิหารสี่ เส้นรัศมีล้อมรอบปลาย ยอดเจดีย์ หมายถึง แสงสว่างแห่งปัญญา